Cá sấu thuộc loài có sức đề kháng cao, ít khi bị bệnh, nhất là khi nuôi trong điều kiện vệ sinh thích hợp và được ăn đầy đủ. Thông thường chỉ loại cá sấu con dưới 1 năm tuổi mới có thể chết do bệnh tật. Tuy nhiên, ở miền Bắc, khi nhiệt độ hạ xuống thấp (từ tháng 11 đến tháng 3) cá sấu cũng dễ bị bệnh. Dưới đây là một số bệnh ở cá sấu mà người nuôi cần biết.