100% các thủ tục hành chính công đã được cung cấp ở mức độ 2; trong đó 37 dịch vụ công trực tuyến mức độ 4, đã ứng dụng chữ ký số trong tất cả các phần mềm dịch vụ công trực tuyến mức độ 4 để trả kết quả trực tuyến cho doanh nghiệp. 100% các đơn vị của Bộ Y tế đã công bố phù họp với tiêu chuẩn của Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN 9001:2008. Bộ đã hoàn thành kết nối liên thông gửi/nhận văn bản điện tử với Văn phòng Chính phủ, đảm bảo kết nối, công khai tất cả văn bản quy phạm pháp luật, văn bản chỉ đạo điều hành lên Cổng thông tin điện tử Bộ Y tế.
Từ tháng 6/2016, Bộ Y tế đã áp dụng cơ chế hải quan một cửa quốc gia đối với thủ tục hành chính cấp số tiếp nhận Phiếu công bố sản phẩm mỹ phẩm nhập khẩu và thủ tục hành chính nhập khẩu thuốc thành phẩm có số đăng ký lưu hành tại Việt Nam. Việc thực hiện cơ chế một cửa quốc gia đã rút ngắn đáng kể thời gian cho doanh nghiệp, cũng như cơ quan quản lý, thời gian trung bình kiểm tra thường và kiểm tra chặt lần lượt đối với hồ sơ giấy là 9,3 và 11,9 ngày thì khi thực hiện qua cổng thông tin một cửa quốc gia giảm xuống còn 5,5 và 6,5 ngày.
Với các kết quả trên, chỉ số cải cách hành chính (PAR Index 2015) của Bộ Y tế do Chính phủ công bố đã có sự cải thiện rõ rệt, tăng từ 73,55 lên 86,58 điểm, tăng cao nhất trong số các Bộ, đứng ở vị trí số 8/19 bộ, vượt 9 bậc so với kết quả 17/19 được công bố năm 2015.
Điều này khẳng định những nỗ lực trong công tác chỉ đạo, điều hành của Bộ Y tế, đặc biệt là đánh giá của người dân về chất lượng ngành y tế, thái độ của viên chức ngành y tế đã được cải thiện qua từng năm.
Năm 2017, Bộ Y tế xây dựng Kế hoạch cải cách hành chính giai đoạn 2016-2020. Bên cạnh đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính thuộc chức năng quản lý của Bộ và cải cách dịch vụ công để tăng sự hài lòng của người dân, doanh nghiệp đối với sự phục vụ của các cơ quan hành chính, Bộ Y tế nâng cao việc ứng dụng công nghệ thông tin, truyền thông trong hoạt động của các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ...
