Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện chương trình còn bộc lộ nhiều khó khăn cần được tháo gỡ, như: Ban Chỉ đạo cấp tỉnh ban hành kế hoạch thực hiện chương trình chậm. Một số huyện chưa thực sự quan tâm chỉ đạo việc chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi, áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật trong sản xuất. Các Ban chỉ đạo cấp huyện chưa đôn đốc, giám sát các nhà đầu tư (doanh nghiệp) thực hiện các nội dung hỗ trợ theo Nghị quyết số 07/2012/NQ-HĐND, ngày 5/7/2012. Một số nhà đầu tư chỉ xây dựng dự án, xin cấp phép kinh doanh, nhưng chưa quan tâm đến việc hỗ trợ cho nhân dân đầu tư phát triển sản xuất; có doanh nghiệp chưa thực hiện nghiêm túc các nội dung đã hợp đồng (cam kết) với nông dân. Một bộ phận nông dân chưa thực hiện nghiêm túc quy trình kỹ thuật sản xuất và hợp đồng bán sản phẩm với nhà đầu tư; hiện tượng tranh mua, tranh bán vẫn còn diễn ra trên địa bàn.
Các tuyến đường nội vùng của dự án mía và trúc đã xuống cấp, gây khó khăn cho việc vận chuyển hàng hóa. Tập quán chăn nuôi lạc hậu, một số địa phương còn thả rông gia súc, ảnh hưởng đến công tác cải tạo giống bằng bò đực tốt; thụ tinh nhân tạo đạt kết quả thấp, chi phí cao; việc trồng cỏ ở một số địa phương không thực hiện được (một số mô hình trồng cỏ đã bị trâu, bò phá hoại). Diện tích trồng sắn nguyên liệu nhỏ lẻ, chủ yếu tận dụng đất đồi, trồng xen canh với các cây trồng khác...
Nhằm thực hiện chương trình hiệu quả, theo ông Hoàng Thái, nguyên Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, trong thời gian tới, tỉnh tập trung nguồn lực tạo bước đột phá trong chuyển dịch cơ cấu kinh tế, bảo đảm phát triển nhanh, bền vững. Tiếp tục đẩy mạnh phát triển nông nghiệp theo hướng sản xuất hàng hóa, gắn với bảo quản, chế biến, xây dựng thương hiệu hàng hóa phù hợp với nhu cầu thị trường. Quy hoạch sử dụng đất nông, lâm nghiệp và đất phục vụ chăn nuôi ở từng địa phương, đưa chăn nuôi trở thành ngành chính. Quan tâm đầu tư phát triển giao thông nông thôn; tu sửa, nâng cấp các công trình thủy lợi, chủ động tưới tiêu cho các loại cây trồng.