Khoảng 95.000 điểm bỏ phiếu mở cửa từ 8h00 đến 20h00 (giờ Moskva), đảm bảo sẵn sàng mọi điều kiện an ninh và trật tự để cử tri thực hiện quyền và nghĩa vụ công dân của mình, trừ một số vùng như Kamchatka và Chukotka, các điểm bỏ phiếu đã hoạt động từ 23h00 ngày 17/9. Sau 13 năm, bầu cử Quốc hội Nga 2016 quay lại tiến hành theo hệ thống hỗn hợp, một nửa (225 đại biểu) được bầu theo danh sách của 14 chính đảng đăng ký, một nửa được bầu theo danh sách phổ thông đầu phiếu tại các khu vực một đại biểu. Các chính đảng phải giành được 5% phiếu ủng hộ mới có ghế trong Đuma. Cũng trong ngày này, cử tri còn bầu ra Thống đốc của 9 khu vực, đại biểu Hội đồng lập pháp của 39 chủ thể, khoảng 5.000 thành phố cũng bỏ phiếu bầu người đứng đầu.
