Thông tư gồm 4 chương, 17 Điều về: Quy định chung; Tiêu chí phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo; Hướng dẫn phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo và Điều khoản thi hành.
Theo đó, việc phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm và phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo được thực hiện theo 3 nguyên tắc gồm trên từng ô bờ, ô ven bờ, ô biển; phải căn cứ vào các thông tin, số liệu đo đạc, quan trắc các thành phần môi trường và sử dụng các công cụ tính toán, mô phỏng quá trình phát thải, lan truyền, biến đổi, chuyển hóa chất gây ô nhiễm trọng môi trường biển và hải đảo; phải căn cứ vào kết quả tính toán, xác định giá trị của các chỉ số tương ứng với các tiêu chí phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo đối với từng ô và được thể hiện trên bản đồ theo quy định của pháp luật về thành lập bản đồ chuyên đề.
Vùng biển và hải đảo Việt Nam được phân chia thành các ô bờ, ô ven bờ và ô biển; các ô có hình chữ nhật. Ô bờ là các ô nằm trong phạm vi từ đường mực nước triều cao trung bình nhiều năm đến đường mép nước biển thấp nhất trung bình trong nhiều năm. Việc xác định ô bờ phải căn cứ vào đặc điểm, điều kiện tự nhiên, địa chất, địa mạo của đường bờ, các hệ sinh thái vùng đất ven biển, các hoạt động kinh tế - xã hội ở vùng đất ven biển; chiều dài cạnh lớn của ô không lớn hơn khoảng cách từ đường mực nước triều cao trung bình nhiều năm đến đường mép nước biển thấp nhất trung bình trong nhiều năm. Ô ven bờ là các ô nằm trong phạm vi vùng biển ven bờ. Việc xác định ô ven bờ phải căn cứ vào chế độ động lực, các hệ sinh thái vùng biển ven bờ, các hoạt động kinh tế - xã hội ở vùng bờ; chiều dài cạnh lớn của ô không lớn hơn 6 hải lý.
Còn ô biển là các ô nằm ngoài vùng biển ven bờ. Việc xác định ô biển phải căn cứ vào đặc điểm, tính chất về chế độ hải văn, các hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên biển và hải đảo; chiều dài cạnh lớn của ô không lớn hơn 12 hải lý. Tiêu chí phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo, bao gồm: Tiêu chí về mức độ ô nhiễm hoặc nguy cơ ô nhiễm môi trường biển và hải đảo, chỉ số tương ứng là I mđ ; Tiêu chí về phạm vi ảnh hưởng, chỉ số tương ứng là I ah; Tiêu chí về mức độ nhạy cảm môi trường; khả năng gây thiệt hại đến sức khỏe con người, các hệ sinh thái biển, hải đảo, các hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên biển và hải đảo, chỉ số tương ứng là I th.
Cấp rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo của ô bờ, ô ven bờ và ô biển được xác định trên cơ sở giá trị chỉ số phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo của mỗi ô đó, ký hiệu là I ô.
Phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo gồm các hoạt động quy định tại Khoản 1 Điều 48 Luật Tài nguyên, môi trường biển và hải đảo, được thực hiện theo 3 bước: Tính toán, xác định giá trị chỉ số phân cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo (I ô ); Đánh giá, xác định cấp rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo; Lập bản đồ phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo. Bản đồ phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo là bản đồ thể hiện cấp vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo theo từng ô bờ, ô ven bờ hoặc ô biển.
Thông tư cũng nêu rõ, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam có trách nhiệm giúp Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với bộ, cơ quan ngang bộ có liên quan và UBND, thành phố trực thuộc Trung ương có biển phân vùng, lập bản đồ phân vùng rủi ro ô nhiễm môi trường biển và hải đảo.
