Trong khuôn khổ chuyến thăm, Thủ tướng Nhật Bản Shinzo Abe đã hội đàm với Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc; chủ trì họp báo; chào xã giao Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng, Chủ tịch nước Trần Đại Quang, hội kiến Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân. Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Nhật Bản chủ trì Tọa đàm doanh nghiệp Việt Nam-Nhật Bản; gặp Trưởng Ban tổ chức Trung ương, Chủ tịch Nhóm Nghị sỹ hữu nghị Việt-Nhật Phạm Minh Chính; gặp gỡ Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội và một số cán bộ, sinh viên Trường Đại học Việt-Nhật.
Trong bầu không khí hữu nghị, tin cậy và hiểu biết lẫn nhau, hai bên đã đạt nhất trí cao về những phương hướng lớn và các biện pháp cụ thể nhằm đưa quan hệ đối tác chiến lược sâu rộng Việt Nam - Nhật Bản phát triển toàn diện, thực chất và hiệu quả hơn nữa trong thời gian tới.
Hai bên nhất trí tiếp tục tăng cường sự tin cậy về chính trị thông qua việc duy trì các chuyến thăm và tiếp xúc cấp cao, tăng cường hiệu quả các cơ chế đối thoại; khẳng định sẽ phối hợp chặt chẽ để chuyến thăm Việt Nam của Nhà vua và Hoàng hậu Nhật Bản vào mùa xuân năm 2017 thành công tốt đẹp. Hai bên nhất trí tăng cường hợp tác thực chất về an ninh - quốc phòng, trong đó có lĩnh vực rà phá bom mìn và nâng cao năng lực thực thi pháp luật trên biển.
Về hợp tác kinh tế, hai bên đạt nhận thức chung về việc thúc đẩy triển khai kết nối hai nền kinh tế thông qua thúc đẩy đầu tư, thương mại, ODA và hợp tác trong các lĩnh vực có thể bổ trợ cho nhau như hợp tác địa phương, nông nghiệp, lao động. Hai bên nhất trí triển khai Chiến lược Công nghiệp hóa của Việt Nam trong khuôn khổ hợp tác Việt - Nhật đến năm 2020 tầm nhìn 2030 cũng như sáng kiến chung Nhật - Việt giai đoạn 6 nhằm cải thiện môi trường đầu tư tại Việt Nam; tiếp tục triển khai các dự án lớn về cơ sở hạ tầng hai nước như đường bộ cao tốc Bắc - Nam. Hai bên nhất trí thúc đẩy hợp tác Việt - Nhật trong các lĩnh vực nông nghiệp công nghệ cao, đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, hợp tác địa phương và tăng số lượng và lĩnh vực tiếp nhận thực tập sinh Việt Nam sang Nhật Bản. Thủ tướng Shinzo Abe đã tuyên bố Nhật Bản cấp phép nhập khẩu thanh long ruột đỏ của Việt Nam và Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc cũng thông báo Việt Nam cấp phép nhập khẩu quả lê của Nhật Bản.
Nhật Bản sẽ tiếp tục hỗ trợ Việt Nam phát triển kinh tế - xã hội thông qua nguồn vốn ODA cũng như thúc đẩy hợp tác các dự án cơ sở hạ tầng chất lượng cao, cam kết cung cấp thêm khoản ODA vốn vay trong năm tài khóa 2016 cho Việt Nam trị giá khoảng 123 tỷ Yên (tương đương 1,05 tỷ USD) trong các lĩnh vực an ninh hàng hải, ứng phó với biến đổi khí hậu, thoát nước và xử lý nước thải. Nhật Bản sẵn sàng thúc đẩy các hoạt động ứng dụng công nghệ cao, đầu tư trong các hình thức huy động vốn của các doanh nghiệp Nhà nước, đào tạo cán bộ, tạo điều kiện để người Việt Nam du lịch Nhật Bản, thúc đẩy giao lưu văn hóa.
Hai bên đã trao đổi về các vấn đề quốc tế và khu vực cùng quan tâm và khẳng định phối hợp chặt chẽ trên các diễn đàn quốc tế và khu vực. Hai bên nhất trí về tầm quan trọng của bảo đảm hòa bình, an ninh, an toàn và tự do hàng hải và hàng không, các bên liên quan không có những hành động gây căng thẳng và quân sự hóa dẫn đến thay đổi nguyên trạng tại Biển Đông, thúc đẩy giải quyết tranh chấp bằng các biện pháp hòa bình, tôn trọng đầy đủ các tiến trình ngoại giao và pháp lý, không sử dụng vũ lực hoặc đe dọa sử dụng vũ lực, nghiêm túc tuân thủ luật pháp quốc tế, nhất là Công ước của Liên hợp quốc về Luật Biển 1982 cũng như Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC), sớm xây dựng Bộ quy tắc ứng xử ở Biển Đông (COC).
Nhân dịp này, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Shinzo Abe đã chứng kiến lễ trao đổi văn kiện ký kết giữa các bộ, ngành và doanh nghiệp hai nước gồm: Công hàm trao đổi ODA vốn vay cho Chương trình hỗ trợ ứng phó với biến đổi khí hậu chu kỳ 7 (trị giá 10 tỷ Yên); Công hàm trao đổi cho Dự án viện trợ không hoàn lại cho Chương trình phát triển kinh tế - xã hội cung cấp trang thiết bị tăng cường năng lực bảo đảm an ninh đường thủy (trị giá 300 triệu yên); Hiệp định vay ODA cho Dự án Quản lý kinh tế và nâng cao năng lực cạnh tranh (trị giá 11 tỷ yên); Hiệp định vay ODA cho Dự án Chương trình hỗ trợ ứng phó với biến đổi khí hậu chu kỳ 7 (trị giá 10 tỷ yên); Thỏa thuận đối tác chiến lược giữa Tập đoàn Dệt may Việt Nam (Vinatex) và công ty dệt may Itochu, thuộc tập đoàn Itochu Nhật Bản; Thỏa thuận đầu tư dự án nhiệt điện Vũng Áng 2.
*Trong thời gian thăm chính thức Việt Nam, bà Akie Abe, Phu nhân Thủ tướng Nhật Bản Shinzo Abe đã có cuộc trò chuyện thân mật cùng Phu nhân Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Trần Nguyệt Thu; thăm Bệnh viện Phục hồi chức năng Hà Nội; gặp gỡ một số người Việt Nam từng tham gia Chương trình “Tàu thanh niên Đông Nam Á../.
