Theo đó, xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng mức thu phí là 35.000 đồng/lượt/xe, mức thu cao nhất là 200.000 đồng/lượt/xe đối với xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng bằng container 40 feet.
Xung quanh việc thu phí hầm đường bộ này, nhiều ý kiến cho rằng mức phí 35.000 đồng/lượt/xe đối với xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng là quá cao, trong khi hầm Hải Vân thu phí chỉ có 20.000 đồng. Mặt khác, trạm thu phí này đặt xa hầm đường bộ Phước Tượng - Phú Gia cả chục km, nhiều người ở thị trấn Lăng Cô đi Đà Nẵng, và ngược lại không đi qua hầm vẫn chịu mua vé gây bức xúc cho người tham gia giao thông. Một số cơ sở làm dịch vụ du lịch vận chuyển khách từ Đà Nẵng ra Lăng Cô tham quan, nghỉ dưỡng, tắm biển dù không đi qua hầm đường bộ Phước Tượng - Phú Gia nhưng sẽ phải mua vé do trạm thu phí đặt ở phía Bắc hầm đường bộ Hải Vân.
Tuy nhiên, theo lý giải của Công ty cổ phần BOT Phước Tượng - Phú Gia, do hiện nay Quốc lộ 1 qua Thừa Thiên-Huế đã có trạm thu phí đặt tại huyện Phú Bài, nên Bộ Giao thông Vận tải và tỉnh Thừa Thiên - Huế thống nhất đặt trạm thu phí hoàn vốn cho dự án hầm Phước Tượng - Phú Gia nằm ở phía Bắc hầm Hải Vân để đảm bảo các quy định về khoảng cách đặt giữa hai trạm thu phí tối thiểu 70 km./.
