Cứ vào mùa khô, Vân Long là địa điểm làm tổ của nhiều loài chim nước phương Bắc như đại bàng Bonelli, diệc xám, cò ngàng lớn, mồng két, cò bợ, cò trắng, vạc…. Ước tính, đầm Vân Long có tới 72 loài chim, 32 họ, 12 bộ chim và hiện có khoảng gần 500 con cò bợ, cò ruồi, cò trắng thường xuyên kiếm ăn ở bãi sình lầy và ruộng lúa.